Los dos bandos habían organizado movilizaciones para conmemorar los tres años de las revueltas que sacaron del poder a Hosni Mubarak.
Alrededor de 250 personas resultaron heridas.
El despacho del Interior indicó en un comunicado que había arrestado a más de mil manifestantes, quienes -según informó- portaban armas.
En la mañana del domingo, hombres armados abrieron fuego contra un autobús militar en el norte del Sinaí. Cuatro soldados murieron.