Las autoridades afganas planean liberar hasta 72 sospechosos de ser combatientes del talibán que están en el centro de la disputa.
Otros 16 continuarán en la prisión de Bagram hasta que se revisen sus casos.
Funcionarios estadounidenses han expresado su protesta por considerar que los presos son responsables de haber herido o matado a tropas de la coalición de la OTAN.
El asunto aparece como una nueva fuente de tensiones en las relaciones entre Washington y Kabul en medio de los intentos por cerrar el acuerdo de seguridad que permita dejar tropas estadounidenses en territorio afgano.